生物物理若手の会夏の学校2013

生物物理夏の学校2013 計算ハンズオンセミナー

第53回生物物理夏の学校(2013)では，計算機を用いたハンズオンセミナーを行います．

9/9(月) 09:30-10:30　タンパク質間ドッキングによる複合体構造予測（担当：大上雅史）
9/9(月) 14:00-15:00　誰でもできる！やさしい分子動力学シミュレーション（担当：寺川剛）

当ハンズオンセミナーを受講の際には，こちらの環境を準備頂いたラップトップPCをご持参頂くことをお勧めします．
（ラップトップPCを持参しなくとも受講は可能です．）

タンパク質間ドッキングによる複合体構造予測（大上担当分）

　本ハンズオンセミナーでは，MEGADOCKによる剛体ドッキングを行い，1兆を超える可能な複合体構造空間から数百～数千の複合体候補構造(decoy)をサンプリングし，その結果を可視化することを実践する．また，得られた剛体ドッキングの結果に対して，ZRANKを用いることで，その結果を改善することができることを実際に確認し，タンパク質ドッキング予測がどのように行われるかを知ることを目的とする．

資料

セミナー予稿：abstract_ohue.pdf (2013/07/29 update)
ハンズオンセミナー内容：handson_ohue.pdf (2013/07/29 update)
セミナー準備資料：handson_prepare.pdf (2013/07/29 update) (大上・寺川共通)
チュートリアル用ファイル：ダウンロード

もしくは以下のコマンドをTerminalで入力
```
 $ wget http://www.bi.cs.titech.ac.jp/~ohue/bps2013/handson2013.tgz 
```

MEGADOCKについてはこちら

誰でもできる！やさしい分子動力学シミュレーション（寺川担当分）

本ハンズオンセミナーでは、Cafemol による粗視化分子動力学シミュレーションでタンパク質のフォールディングを再現する。次に、タンパク質を有限の大きさの箱のなかに閉じ込めてシミュレーションを行い、フォールディングを再現する。最後に、これら２つのシミュレーション結果を比較して、有限の大きさの箱がフォールディングに与える影響を考察する。このシミュレーションは、シャペロニンGroEL/GroESがタンパク質を内部に閉じ込めることが、タンパク質のフォールディングに与える影響を明らかにするために設計されたものをシンプルにしたものである。本セミナーを通して、問題をシンプルにモデル化して本質を議論する、粗視化分子動力学シミュレーションの美しさを感じていただければ本望である。

資料

セミナー予稿：abstract_terakawa.pdf (2013/07/29 update)
ハンズオンセミナー内容：handson_terakawa.pdf (2013/07/29 update)
セミナー準備資料：handson_prepare.pdf (2013/07/29 update) (大上・寺川共通)

Cafemolについてはこちら